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ドットファイルの日本語環境設定に関するものに、

  user-ja-conf

というものが用意されています。

  apt-get install user-ja

自分の環境でも同様の現象が起きました.
その時の状況ですが,

1. 仮想端末の環境変数に XMODIFIERS="@im=kinput2" が設定されていない.

   gdm なら .gnomerc で環境変数をセットしないといけない

2. kinput2 が XIM のサーバとして接続を受け付ける前に

   仮想端末が起動し終えてしまう