サブフォルダごとにzipするには

 (cd a;rm a.sh; for i in * ; do echo zip -rq \'$i.zip\' \'$i\'>>a.sh ;done;bash a.sh)

確固等はエスケープするのを忘れないこと。

$ (cd a; for i in * ; do zip -qr "() [] ${i//aaa/bbb}.zip" "$i"; done)

こちらのほうが中間ファイルも不要でファイル名に()や置換(aaa->bbb)も使えるのでいいな。