debianにおける/etc/modulesと/etc/modules.confの違い

/etc/modulesは、カーネルモジュールローダーに依らずに起動時に必ず組み込む モジュールのリストです。 /etc/modules.confは各モジュールに付けるオプション関連を記述します。

おそらく alsaのオプションでjack起動時に snd-seqをアンロードしてそれを記憶してしまい、次からロードされなくなったんじゃないかと推測される。
jackの設定なんだろうがよくわからないので取りあえず/etc/modulesにsnd-seqを入れることにする。